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本发明公开了一种与降香黄檀树高相关的SirB基因SNP分子标记及其应用,属于基因工程技术领域。本发明所涉及的SNP分子标记位于SEQ ID NO.5所示序列的第290位碱基,此分子标记的多态性表现为C或T,基因型包括CC、CT、TT。通过关联分析验证可知,CC基因型的降香黄檀树高显著高于CT基因型以及TT基因型的个体。本发明还提供了用于检测所述SNP分子标记的试剂盒及其在降香黄檀树高性状辅助筛选方面的应用。借助该分子标记,能够在降香黄檀幼苗阶段快速且精准地鉴定出优势基因型个体,可显著提高降香黄檀的育种效率,对于培育快速生长的降香黄檀具有重要价值。